由于得到统治者的青睐，敷文书院声名日渐远播。
敷文书院自康熙十年（1671），浙江巡抚范承谟重建后，有经历了2次重建，6次重修。
康熙三十一年（1692），浙江巡抚张鹏翮重修夫子殿，并撰《重修记》。
康熙五十五年（1716），浙江巡抚徐元梦重修书院，在明道堂遗址上建正谊堂，以悬挂“浙水敷文”匾。第二年，徐元梦有增建载道阁、存诚阁、表里洞然轩、玩心高明亭等。
雍正四年（1797），浙江总督李卫将书院所有建筑修缮一新，从内而外分别为“太和元气”石坊、戟门、正谊堂、魁星阁、左右为学斋，又有载道亭及观风偶憩亭，书院规模进一步扩大。
嘉庆二年（1797），监司秦瀛以书院“廊庑倾欹，堂室渗漉”，提请巡抚长白玉出资修缮。此次重修由杭州籍监院候补教谕陆梦熊、桐乡籍冯俊倬专门主持，历时3月，花费白银500余两，秦瀛撰有《重修敷文院记》以记录此事。但此后书院不知何故被毁。
道光八年（1828），巡抚刘韵珂、杭嘉湖兵备道、杭州知府、仁和知县、钱塘知县共同主持重建书院。此次重建由石门县主簿沈皋、候补教谕章黼监工，历时3年有余，耗银1360余两，其中1000两由刘韵珂从文澜阁修建款项划拨。重修后，书院的圣殿、御书楼、御碑亭、文昌宫、魁星阁、讲堂、东西庑、肄业房等都恢复原貌，青田县训导黄瑶墀作《重修敷文书院记》。
道光十七年（1837），金华傅九龄为书院捐款，书院再次修缮。
经过屡次重建和重修的敷文书院以宏大的规模、齐备的祭天祭器、完备的学规章程、丰厚的藏书而位居杭城四大书院之首，成为浙江省最高学府，吸引11郡无数学子前去求学。
咸丰十一年（1861），敷文书院斋舍在李秀成争夺凤凰山、万松岭等地时被炮火击中俱毁。同治四年（1865）暂借杭州府学明伦堂和尊经阁开课。同治五年（1866）由知府戈律安主持重建，浙江巡抚马新贻作《重修敷文院碑记》。光绪五年（1879），浙江巡抚梅启照重建书院魁星阁、补植许多松树，但修复后的书院规模不及原先的十分之一。
晚清时期随着杭州城市中心转移，万松岭一带地僻人稀，到书院就读的生徒也越来越少。光绪十八年（1892）年“敷文讲学之庐”设立后，敷文书院基本上已无生徒，只作为供人凭吊的古迹保存，布政使刘树堂在书院崖壁上勒石记录此事。后因常有人借地堆物，争伐枯木，光绪二十年（1894）二月二十四日，浙江巡抚特立碑示众，然收效甚微，书院旧址终成一片荒芜之地。
敷文书院是杭州规模最大、历史最久、影响最广的书院，在书院中学习的学生遍布全省11府，各地学生以能进入敷文学习感到光荣。传说梁山伯、祝英台就是在这里读书的。有清一代，敷文书院是学者名家荟萃之地，著名学者桑调元、齐召南、金牲、王旭、沈维蟜等30余人担任过书院山长、秦瀛、杨绳武、朱彝尊、孙星衍、胡敬、戴熙、孙依言、俞樾等曾在书院讲学。敷文书院也造就了许多人才，清代著名诗文大家袁枚、著名诗人祝德麟、施安甫等曾在书院就读。
2002年，杭州市人民政府按明式旧制在原遗址上重建书院，再现了500年前的名院风采。
